平成１１年度から平成１３年度にかけて、箱根関所の跡地一帯の発掘調査を行ない、資料との整合性や遺構の残存状況の確認を行った上で、大番所・上番休息所、厩、雪隠、京口御門などの建物や生垣、石段などの構造物の復元を行ない、平成１６年（２００４）４月から、これらの建物の公開を始めました。
　平成１６年度からは屏風山側の整備を進め、遠見番所や足軽番所、江戸口御門や足軽番所雪隠、京口御門から芦ノ湖へと続く石垣や京口千人溜斜面の石垣の復元工事を行ない、さらに周辺環境整備として電線類の地中化の準備や杉並木の保全を行ない、平成１９年春の全面公開に至りました。